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Die Analyse von Ökosystemstrukturen, der Nahrungsnetze und Nährstoffströme spielt im Naturschutz vor allem dort eine wichtige Rolle, wo seltene Biotope erhalten oder wieder hergestellt werden sollen, deren Existenz wesentlich von abiotischen Faktoren abhängen. Wichtige Beispiele hierfür sind Moorstandorte oder nährstoffarme Gewässerbiotope, deren Existenz oft von unerwünschten Stoffeinträgen bedroht ist.
Aber auch Artenschutzprogramme müssen häufig sowohl durch genaue Analysen der Nahrungsquellen einerseits als auch der Bedrohung durch Fressfeinde, Parasiten und Krankheiten andererseits begleitet werden.
Nach wie vor beeinträchtigen übermäßige Mengen an Nähr- und Schadstoffen unsere Umwelt und verhindern vielerorts die erwünschte Ausprägung naturnaher Verhältnisse an und in den Gewässern.

Siehe auch: „Gewässerbewertung“